Episodio 1: El Principio del Fin, Primera Parte
Celestia y Luna deciden dejarle el mando de Equestria a Twilight y sus amigos, pero Twilight empieza a dudar de sí misma. Mientras tanto, el villano Grogar se une a una legión de personajes para conquistar Equestria.
Episodio 2: El Principio del Fin, Segunda Parte
Mientras Twilight y las demás Mane Six luchan para evitar la destrucción del Tree y los Elements of Harmony, King tiene la mirada puesta en la conquista de Equestria.
Episodio 3: Sin Raíces
Los Young Six responden a un llamado mágico del Tree of Harmony, pero cuando llegan descubren que está destruido, y deben descubrir quién es el responsable.
Episodio 4: El Plan Maestro
Twilight y Shining Armor se enfrentan para resolver una rivalidad de mucho tiempo, pero se dan cuenta de que no son los únicos competidores.
Episodio 5: Sin Devolución
Twilight se da cuenta de que nunca devolvió un libro a Canterlot Library y es posible que además de tener que pagar una enorme multa haya hecho que su bibliotecaria favorita pierda el trabajo.
Episodio 6: Algo En Común
Quibble Pants, un viejo amigo de Rainbow Dash necesita la ayuda de su amigos para lograr un vínculo con la hija de alguien especial porque, al igual que a Dash, le gustan los deportes.
Episodio 7: Yona Es Así
Sandbar invita a Yona a un baile de ponies, y Yona se convence de que debe hacer todo para ser una buena amiga y por eso les pide a Rarity y sus amigas que le cambien el aspecto y la personalidad.
Episodio 8: Eneamigos
Grogar envía su legión del mal a una misión para que se vuelvan aliados, pero su plan funciona demasiado bien y casi se vuelven amigos.
Episodio 9: Tierno y Llameante
Smolder regresa a Dragonlands con Spike y Fluttershy para ayudar a animar a su hermano, pero cuando llegan se sorprenden al ver otro problema, los huevos de dragón no se rompen.
Episodio 10: El Gran Retoño
Los planes de Applejack para una cosecha organizada salen mal cuando Apple Bloom se obsesiona con atrapar una criatura mágica que cree que los ayudará.
Episodio 11: Consejo Académico
Starlight Glimmer asume su rol como consejera de la escuela y alienta a los estudiantes a que le consulten lo que sea y en cualquier momento, pero no es tan simple estar disponible siempre.
Episodio 12: La Última Cruzada
Mientras las Cutie Mark Crusaders están en la casa de Scootaloo, ella recibe una postal que dice que sus padres, Snap Shutter y Mane Allgood, están regresando a casa.
Episodio 13: Entre la noche y el amanecer
Luna y Celestia toman unas vacaciones y los demás amigos intentan cubrir todas las funciones de la princesa.
Episodio 14: La Última Carcajada
Pinkie Pie busca la ayuda de su viejo amigo Cheese Sandwich para encontrar el propósito de su vida y descubre que sucedió algo inimaginable, Cheese Sandwich perdió la risa.
Episodio 15: 2,4,6... ¡Genial!
Se abre un equipo deportivo en la Escuela de la Amistad y Rainbow Dash debe aceptar que no va a entrenar al equipo, sino a las animadoras.
Episodio 16: Una Meta Trivial
Las esperanzas de Twilight de seguir siendo la ganadora en la Trivia Trot se arruinan cuando tiene que formar equipo con Pinkie Pie, que nunca antes estuvo en una competencia así.
Episodio 17: El Contratiempo del Sol de Verano
Twilight está decidida a que la celebración de Celestia y Luna sea memorable. Pero, cuando las cosas empiezan a salir mal, los amigos de Twilight intentan todo para que Twilight no se entere.
Episodio 18: Entendiendo a Angel
Cuando se complica la relación entre Fluttershy y Angel Bunny, Zecora les da una poción para ayudarlos a entenderse, a través de un intercambio de cuerpos.
Episodio 19: Dilema del Dragón
Cuando Spike decide dejar de hacerse tiempo para Rarity cuando ella no se lo pide, Rarity cree que está enojado. Pero la verdad luce aún peor cuando cree que la cambió por una nueva amiga.
Episodio 20: La Poni Ideal
Starligh decide contratar un Vice Headmare para que le quite el mando de la School of Friendship a Twilight. Pero cuando Trixie asume la posición, Starlught se da cuenta de que contratar a la persona indicada será muy difícil.
Episodio 21: ¿Daring Que?
Cuando otro escritor lanza su propia versión de los eventos de los libros de AK Yearling's Daring Do, Rainbow Dash se enfurece, y Fluttershy tiene curiosidad por saber la verdad.
Episodio 22: Crecer es Difícil
Las Cutie Mark Crusaders se transforman mágicamente en adultas y descubren que para crecer se necesita experiencia y sabiduría y eso no se puede apresurar.
Episodio 23: La Gran Declaración
Big Mac y Sugar Belle deciden hacerse la gran propuesta, todo lo que sus amigos hacen para ayudarlos termina siendo un caos.
Episodio 24: El Fin del Final, Primera Parte
Una alianza de villanos ejerce su poder sobre Equestria.
Episodio 25: El Fin del Final, Segunda Parte
La Mane Six se enfrentan a los enemigos más peligrosos de Equestria.
Episodio 26: El Último Problema
Twilight Sparkle y sus amigas cuentan una historia sobre cómo Twilight tuvo que tomar una decisión difícil cuando Celestia y Luna se retiran y entregan el trono a Twilight, quien debe elegir ser la gobernante legítima de Equestria o quedarse en Ponyville con sus amigas.